Schulseelsorge 

An der Stiftsschule sind sowohl ein katholischer als auch ein evangelischer Schulpfarrer hauptamtlich tätig.
Katholischer Schulpfarrer ist seit September 2005 Marcus Vogler. Neben seiner Tätigkeit in der Schule leitet er das Bildungshaus der Diözese Fulda in Amöneburg, das Johanneshaus, und ist dort Referent für Erwachsenenbildung. In den Jahren 2008-2010 betreute Pfr. Vogler als Pfarrer die Pfarrgemeinde in Schröck. Ab März 2011 übernimmt er zu seinen bisherigen Aufgaben die Pfarrstelle in Amöneburg und Rüdigheim.
Evangelischer Schulpfarrer ist seit dem Schuljahr 2007/08 Lars Ludolph. Beide Schulpfarrer erteilen in der Schule Religionsunterricht. Sie sind für die Schulpastoral an der Stiftsschule verantwortlich und feiern mit der Schulgemeinde in regelmäßigen Abständen Gottesdienste und Andachten. Als Seelsorger stehen sie Schülern, Lehrern und Eltern als vertrauliche
Gesprächspartner zur Verfügung.

Das Sprechzimmer von Pfarrer Ludolph befindet sich im 2. Stock des Thomas-Hauses über dem Sekretariat.

Pfarrer Voglers Büro befindet sich im Johanneshaus hinter bzw. neben der Stiftskirche.